化學清洗是通過化學藥劑的化學作用，使被清洗設備和管道中的沉積物溶解、疏松、脫落或剝離的清洗方法。一般來說，化學清洗不僅能去除系統中的油污，而且能消除各種結垢物、金屬腐蝕物和生物粘泥。為了減少化學清洗劑的用量，前述的物理清洗也是系統清洗不可缺少的一環，尤其是在泥沙、污物沉積較多的情況下，先用水沖洗一遍是很有必要的。

化學清洗的優點是：沉積物能夠徹底清除，清洗效果好；可以進行不停機清洗，使中央空調系統照常供冷或供暖；清洗操作比較簡單。存在的缺點是：易對設備和管道產生腐蝕；產生的清洗廢液易造成二次污染；清洗費用相對較高。