制冷系統是由一系列的設備依統籌組裝、安裝而成。一般可分為：制冷主機，主要包括機頭、壓力容器、油分離器、閥件等；制冷風機，根據不同的布局方式及數量、除霜設計方式進行不同的選擇配置，如電熱除霜、水除霜、熱氣除霜；控制系統，由一系列的閥件、感應裝置、自控裝置及控制等組成；管路與閥件系統，一般依設計配置。

制冷系統在冷鏈物流的投資中占有較大比重。在冷媒的選擇方面，國內主要使用的是氨系列或氟系列的冷媒。另外，在較高溫層，如12℃作業區，還可規劃使用二次冷媒，如冰水或乙二醇。與制冷系統配套的還有壓力平衡裝置、溫度感應裝置、溫度記錄裝置、電器設備等。