氣調冷藏庫不僅在貯藏條件、建筑結構和設備配置等方面不同于果蔬冷卻物冷藏間，而且在操作管理上，也有自己的特殊要求。操作管理上任一環節出現差錯，都將影響氣調貯藏的整體優勢和最終貯藏效果，甚至還會關系到氣調冷藏庫的建筑結構和操作人員的人身安全。
果蔬貯藏的生產管理
這包括果蔬貯前、貯中、貯后全過程管理。
（1）果蔬貯前的生產管理：貯前生產管理是氣調貯藏的首要環節。人庫果蔬質量好壞直接影響到氣調貯藏的效果。具體包括：果蔬成熟度的判定和選擇最佳采摘期，盡快使采摘后的果蔬進入氣調狀況；減少采后延誤，注重采收方法，重視果蔬的裝卸、運輸和人庫前的挑選、庫中堆碼等環節，人庫前應將庫房、氣調貯藏用標準箱進行消毒等。
在保證人庫果蔬質量的前提下，入庫的速度越快越好。單個氣調間的入庫速度，一般控制在3一5d，最長不超過一周。裝滿后關門降溫。
（2）果蔬貯中的生產管理：貯中是指入庫后到出庫前的階段。這個階段生產管理的主要工作，是按氣調貯藏要求，調節、控制好庫內的溫、度濕度和氣體成分，并搞好貯藏果蔬的質量監測工作。具體要求如下。
①貯藏條件的調節和控制：包括庫房預冷和果蔬預冷。預冷降溫時，應注意保持庫內外壓力的平衡，只能關門降溫，不可封庫降溫，否則可能因庫內溫度的升高（空庫降溫后因集中進貨使庫溫升高）或降低（隨冷卻設備運行而庫溫回落）在圍護結構兩側產生壓差，對結構安全構成威脅。封庫氣調，應在貨溫基本穩定在最適貯藏溫度后進行。降氧速度應盡可能快。
②氣調狀態穩定期的管理：是指從降氧結束到出庫前的管理。這個階段的主要任務是維持貯藏參數的基本穩定。按氣調心藏技術的要求，溫度波動范圍應控制在士0.5℃以內；氧氣、二氧化碳含量的變化，也應在士0.5℃以內：乙烯含量在允許值以下，相對濕度應在90%一95%。
氣調冷藏庫貯藏的食品一般整進整出，食品貯藏期長，封庫后除取樣外很少開門，在貯藏的過程中也不需通風換氣，外界熱濕空氣進入少，冷風機抽走的水分基本來自食品，若庫中的相對濕度過低，食品的干耗就嚴重，從而影響食品的品質，使氣調貯藏的優勢無法體現出來。所以，氣調冷藏庫中濕度控制也是相當重要的。
當氣調冷藏庫內的相對濕度低于規定值時，應用加濕裝置增加庫內的相對濕度。庫內加濕可以用噴水霧化處理。
貯藏中的質量管理，包括經常從庫門和技術走廊上的觀察窗進行觀察、取樣檢測。從果蔬入庫到出庫，始終做好果蔬的質量監測是十分重要的，千萬不要片面地認為，只要保證貯藏參數基本穩定，果蔬的貯藏質量就可保證。
（3）果蔬貯后的生產管理：包括出庫期間的管理，確定何時出庫。氣調冷藏庫的經營方式以批發為主，每次的出貨量最好不少于單間氣調冷藏庫的貯藏量，盡量打開一間，銷售一間。果蔬要出貨時，要事先做好開庫前的準備工作。為減少低氧對工作人員的危害，要在出庫前24h解除氣密狀態，停止氣調設備的運行，通過自然換氣，使氣調冷藏庫內氣體恢復到大氣成分。當庫門開啟后，要十分小心，在確定庫內空氣為安全值前，不允許工作人員進入。出庫后的挑選、分級、包裝、發運過程，注意快、輕，盡量避免延誤和損失，上貨架后要跟蹤質量監測。
