手工清除法。一般適用于大氣式(淋激式)冷凝器，用特制扁鏟和小錘，把管子表面的垢層除掉。這種方法，勞動強度大，效率低。
機械清除法。將臥式殼管式兩端的鑄鐵封頭拆下，立式殼管式要將上邊擋水板拿掉，用洗管器進行除垢，用特制刮刀接在鋼絲軟軸上，另一端接在電機軸上。滴除水垢時，將刮刀以水平位置或垂直方向插入冷卻管內，開動電機就可以刮除水垢，同時用橡皮水管沖洗刮下的水垢并冷卻刮刀，應注意冷凝器的焊口或脹口，以防展動而出現泄漏。這種方法效果較好，但除垢不很徹底。
化學除垢法。鹽酸溶解法所需的設備為耐酸泵和耐酸池。將系統中的制冷劑抽出。關閉冷凝器進、出水管，并拆下進出水管接管處。將冷凝器的進出水管接頭同酸洗系統連接。酸洗液從冷卻水出口處流入循環槽，經槽中過漣后重復循環使用。循環時間視水垢清除程度而定。酸洗液的配制:鹽酸濃度10%，每1kg鹽酸水溶液加0.5g緩蝕劑，即六次甲基四胺或笨胺與六次甲基四胺的混合物。再用1%的氫氧化納循環清洗15min,其目的是起中和作用。用清水沖洗，直到水清為止。
用鍋爐除垢劑清除法。對立式殼管式冷凝器，在下邊用木塞或玉米柱堵住管子口，然后向管內倒鍋爐除垢劑，在倒除垢劑時應分3-4次進行，操作人員應穿好工作服，戴好手套和護光眼鏡。溶液在冷凝器中30~36h。視水垢的清除情況而定。對殼管臥式冷凝器特制進、出水管彎頭，將原進、出水管接頭拆下，裝上特制有頭，向冷凝器內倒鍋爐除垢劑。溶液存放時間與立式冷凝器相同。以上方法，設備簡單，操作方便，近幾年使用較廣泛。
對于蒸發式冷凝器的除垢是困難的，一般用軟化后的水作為循環冷卻水。有的進口設備利用金屬的熱脹冷縮的性能，將蒸發式冷凝器改為蒸發器，經降溫使附著在壓力管和翅片上的水垢脫落。這一辦法從實際效果看，水垢只能脫落大部分，消除不徹底。最好還是軟化水處理法。
